کارایی نشانگر مولکولی SCoT در بررسی تمایز دو گونه‌ Lolium perenne و Lolium multiflorum

چچم یکی از گیاهان مهم علوفه­ای در مناطق سردسیری جهان می­باشد و در شرایط مختلف آب و هوایی رشد می­کند. تنوع ژنتیکی دو گونه  بین نه ژنوتیپ از Lolium perenne و نه ژنوتیپ از Lolium multiflorum با استفاده از 15 نشانگر مولکولی SCoT بررسی شد. آغازگر­های ScoT در مجموع 86 باند تولید کردند که از این تعداد 12 باند یک‎شکل مشاهده شد و سایر باندها چند‎شکل بودند. آغازگرهای SC35، SC36 و SC26 به‎ترتیب با 9 و 8 باند بیشترین تعداد باند و آغازگرهای SC10 و SC44 با 2 و 3 باند کمترین تعداد باند را نشان دادند. بیشترین میزان محتوای اطلاعات چند‎شکلی (PIC) مربوط به آغازگرهای SC5، SC40، SC35، SC63، SC13، SC44، SC26، SC21 و SC10 بود. به‌طوری‌که بیشترین میزان شاخص قدرت تفکیک (RP)، شاخص نشانگری (MI) و نسبت چندگانه مؤثر (EMR) را آغازگرهای SC35 و SC26 داشتند. تشابه ژنتیکی ژنوتیپ‏های مورد بررسی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد از 35/0 تا 91/0 متغیر بود و میانگین تشابه بین ژنوتیپ‏ها برابر 64/0 بود. بر اساس تجزیه خوشه‎ای ژنوتیپ­ها در 2 گروه قرار گرفتند، به‎طوری‌که گونه­ها به‎صورت صد در صد از یکدیگر تفکیک شدند. این نتایج با نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) تأیید شد. تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) بر اساس گونه­های یکساله و چند ساله نشان داد که تنوع در درون گونه­ها برابر 51% و در بین گونه­ها برابر 49% بود. بر اساس شاخص­های هتروژنتیکی مورد انتظار (He) و شاخص شانون (I) بیشترین تنوع درون گونه­ای و تنوع ژنی مربوط به گونه L. Multiflorum بود.